Hello !
Je crois, mais rien de certain, qu'il n'y a strictement aucune différence. A partir du moment où tu accèdes au corps des agrégés, quelque soit le concours, tu y es.
Quant à l'emploi des agrégés comme détachés à l'université (PRAG), c'est sur lettre de motivation et CV et souvent aussi sur entretien d'embauche (cette année, il y en avait un a Strasbourg sur les musiques actuelles et un à Lille sur la gestion de projets avec l'ESPE). D'ailleurs, il arrive aussi souvent que des certifiés puissent être détachés en université...
Peut être que d'autres ici pourront apporter d'autres infos